На хостинге php работает как модуль веб-сервера apache и php скрипты исполняются с правами apache. Соответственно все файлы, созданные из скриптов имеют владельца apache и по FTP их удалить нельзя.
Для решения этой проблемы в панели управления доступен раздел Установить владельца.
Раздел доступен в настройках домена: Домашя страница - кликаете на имя Вашего домена - раздел Установить Владельца.
Установите владельца на этот домен. После этого владельцем всех файлов и каталогов станет пользователь FTP и появится возможность удалять их с помощью FTP клиента или Менеджера файлов панели управления.